Ngoài hệ thống các tượng Phật và Bồ tát, trên Tam bảo điện Phật còn có một số pho tượng không phải là tượng Phật, Bồ tát, phản ánh một tâm thức khác trong văn hoá, tín ngưỡng của người Việt. Hệ thống tượng này được bày ở cấp thứ hai bên dưới Tam bảo.
- Tượng Ngọc Hoàng Thượng Đế
Người cai quản tầng trời – Vua trời, quán xuyến toàn bộ công việc coi tâm linh cũng như nhân gian. Theo quan nhiệm của dân gian thì Ngọc Hoàng thượng đế là đấng tối cao sinh ra vạn vật. Tượng Ngọc Hoàng thượng đế thường được tạc khá to lớn bệ vệ trong tư thế ngồi trên ngai chạm rồng, tay cầm thẻ bài, đầu đội mũ bình thiên.
- Tượng Nam Tào, Bắc Đẩu
Hai vị trong quan niệm của người Việt là những người giúp việc cho Ngọc Hoàng Thượng Đế. Nam Tào là người giữ sổ sinh, Bắc Đẩu là người giữ sổ tử. Hai vị này thường được tạc trong tư thế ngồi hiền toạ hai đầu gối song song. Tượng mặc áo thụ lĩnh cổ đứng có bổ tử, đầu đội mũ cánh chuồn, tay cầm thẻ bài hoặc cuốn sách.
- Tứ Trụ Thiên Vương hoặc Tứ Trấn
Các vị thần nhà trời hộ pháp canh giữ bốn phương trời. Theo truyền thuyết Phật giáo khi Phật nhập niết bàn có các vị Thiên Vương đứng gác. Phía đông là Trì Quốc Thiên Vương, phía tây là Quảng Mục Thiên Vương, phía nam là Tăng Trưởng Thiên Vương, phía bắc là Đa Văn Thiên Vương. Các tượng này thường được tạc trong hình tướng các vị hộ pháp đứng hoặc ngồi đầu đội mũ Kim Khôi hoặc mũ trụ, trang phục võ tướng.
Các tên gọi của các vị Thiên Vương ở trên xuất phát phổ biến trong Phật giáo Trung Quốc. Còn trong Phật giáo Việt Nam, chỉ có một số chùa có Tứ Trụ Thiên Vương hay còn gọi là Tứ Trấn. Các vị thần này được xem là các vị thần phương hướng. Hình thái của các vị không khác nhau. Ví dụ như Tứ Trấn trong chùa Nành, được tạc rất muộn. Có vị cầm ngọc, có vị cầm đao, chuỳ… Trong Tháp Hoà Phong chùa Dâu cũng có bốn vị tương tự, nhưng hình tướng không có sự phân biệt rõ như các tượng của Trung Quốc.
Một quan niệm khác trong dân gian Việt Nam, hình tượng Tứ Thiên Vương còn được đồng nhất với huyền sử của người Việt ở kỷ Hồng Bàng. Tứ Thiên Vương là bốn người con của Kinh Dương Vương là bốn người con của Kinh Dương Vương gồm có Hùng Nghiêm tự, Hùng Quyền tự, Hùng Lãm tự, Hùng Huệ tự.
Các vị này có quyền năng chấn phong, vũ, vân, lôi. Trong thần phả Bình Đà cũng cho biết Lạc Long Quân có bốn anh em kể trên. Ở một số chùa Việt, tượng Ngọc Hoàng Thượng Đế được bày chính giữa, còn Tứ Thiên Vương được đặt ngồi chầu vào chính giữa.
Trong Phật giáo Trung Quốc lại giải thích các vị này theo cách khác đó là các vị hộ pháp Kim Cang (Kịm Cương) gồm: Tăng Trưởng Thiên Vương tay cầm kiếm báu; Quảng Mục Thiên Vương tay cầm cây đàn tỳ bà, Trì Quốc Thiên Vương tay cầm một chiếc ô. Một số tượng Tứ Thiên Vương được tạc theo thế đứng với các pháp khí kể trên có thể là hình mẫu của Trung Hoa. Một số tượng Thiên Vương theo hình mẫu này cũng tìm thấy trong vài chùa, nhưng thường có niên đại muộn khoảng thế kỷ 19 như tượng tứ Thiên Vương chùa Thầy, chùa Láng.
- Tứ Phủ Thánh Đế
Là các vị đội mũ Bình Thiên, tay cầm thẻ bài, ngồi trên ngai hoặc trên bục. Các tượng có thể được đặt ngồi ngay tầng thứ hai dưới tượng Ngọc Hoàng Thượng Đế. Cũng có thể bốn pho tượng này đặt hai bên quay mặt vào ban Tam bảo trung tâm. Cũng có tượng đặc biệt hơn tạc các vị này ngồi xếp bằng, như chùa Đa Cốc – Thái Bình là bốn ông vua cai quản các phủ: Thiên Phủ, Địa Phủ, Nhạc Phủ, Thuỷ Phủ. Bốn vị này ảnh hưởng của Đạo giáo, Các tượng này xuất hiện khá muộn trong các ngôi chùa Việt và được tạc theo sách “cúng Phật đại khoa”. Đây là nghi lễ thường diễn ra trong chùa nên các vị này được tạc cho hoàn thiện lễ cúng.
- Phạm Thiên, Đế Thích
Theo truyền thuyết Phật giáo thì đây là vị thần chủ tối cao trong Hindu giáo là thần Bhrama (Phạm Thiên) và thần Indra (Đế Thích). Khi đức Thích Ca đản sinh thì hai vị thần này phóng chiếu hào quang để hộ pháp. Do đó vị trí của hai vị này ở trong chùa thường là đặt phía đằng sau hoặc hai bên vị trí đặt tượng Thích Ca sơ sinh. Các vị này thường được tạc mặc áo thụ lĩnh có bổ tử, có cân đai, đội mũ Bình Thiên tay cầm thẻ bài.
- Tượng Vi Đà Thái Tử / Thái Tử Kì Đà
Đây là một trong vị có thần tích truyền thuyết khá khác biệt trong Phật giáo cũng như dân gian Việt Nam. Thái tử Kỳ Đà là một trong những vị thần tướng bảo vệ Phật pháp. Theo truyền thuyết Thái Tử Kỳ Đà con vua Ba Tư Nặc nước Xá Vệ. Ngài có khu vườn ở vị trí thuận tiện, lại có nhiều cây cối cho hoa quả có mùi hương u nhã, rất thích hợp cho đức Phật giảng kinh. Cư sĩ Cấp Cô Độc đã dùng vàng mua đất, còn Thái tử cúng cây, hai người cùng dâng đức Phật và quy Phật pháp.
Cấp Cô Độc được giao cai quản các cảnh chùa, còn Kỳ Đà lại vâng sắc chỉ đức Phật hộ trì Phật pháp trong ba châu, trở thành Tam châu Hộ pháp. Do vậy trong tượng pháp, ngài được thể hiện dứng nghiêm trên những đám mây đùn cao, mình mặc áo giáp, đầu đội mũ trụ, hai tay chắp trước ngực theo ấn liên hoa, thanh kiếm gác trên cánh tay để ngang trước ngực. Tượng này không thật phổ biến trong các điện Phật Việt.
Trong dân gian Việt Nam lại có một quan niệm khác về hình tượng Thái tử Vi Đà. Họ cho rằng pho tượng này chính là Thái tử Tất Đạt Đa gác kiếm đi tu theo các vị cổ Phật. Do đó vị thế của pho tượng là đứng chắp tay hướng vào ban Tam Bảo.
- Thị giả, Thị nữ
Là các vị hầu cận bên Quan Âm Bồ tát. Hai bên Quan Thế Âm có tượng Thiện Tài, Đồng Tử, tượng Kim Đồng, Ngọc Nữ là những pho tượng hộ giá cho các vị Phật hoặc Bồ tát. Các pho tượng này không phải là tượng quan trọng, nhưng rõ ràng việc có sự phò tá của các nhân vật phụ làm cho các bộ tượng trở nên sang trọng.